Yapon dilində olan bu söz, nimçə ( qab ) mənasını verən ” bon ” və bitki mənasını verən ” sai ” sözlərindən götürülmüşdür. Bu söz daha saxsıdakı ağac və ya bitki mənasını verər. Bonsai sənəti Yaponiyaya 7-9-cu əsrlərdə Çindən gəlmişdir. Çində Penjing adı verilən ağac minyaturlaşma sənətinin min illik tarixi var. Yalnız penjingin bir fərqi vardır. Penjingdə bir tək saxsıda bir ağac deyil, məsələn bir neçə miniatür ağacın kölgəsində oturan bir kəndli təsvir edilməkdə idi.